Un primo insediamento umano in questa località si ha intorno al III secolo d.C. quando l’esercito romano di Marco Aurelio Claudio, in marcia verso il lago di Garda, si ferma nei pressi del ponte di Aureolo per accamparsi. Nel VI secolo questo territorio è occupato dai Longobardi che conferiscono l’impronta più forte ed evidente a questi luoghi. A partire dal VII secolo, sulle rovine dell’accampamento romano, si insediano dei monaci benedettini e, tra 1100 e 1115, risulta completata la chiesa di San Colombano, forse edificata su una precedente costruzione.

Durante i secoli del Medioevo, Vaprio d’Adda è lo scenario di scontri e battaglie tra i Visconti e i della Torre. L’abitato e il ponte sull’Adda vengono più volte distrutti e ricostruiti secondo le necessità. Nel 1281 i della Torre sono definitivamente sconfitti e Vaprio d’Adda è in mano ai ghibellini Visconti, sotto la Signoria di Milano.

Vaprio d’Adda ha sempre svolto un’importante funzione strategica e militare: la presenza del fiume Adda rendeva facili le comunicazioni e costituiva una barriera naturale contro le invasioni nemiche, nonché confine tra Milano e Venezia.

Intorno alla metà del XV secolo, iniziano i lavori di costruzione del naviglio Martesana e, pochi decenni più tardi, Leonardo da Vinci verrà ospitato nella villa del duca palatino Gerolamo Melzi.

Nel XVI secolo Vaprio passa attraverso il dominio francese e quello degli Sforza finché nel 1535 a Milano inizia la dominazione spagnola. Nel XVII secolo inizia la fioritura delle residenze nobiliari lungo il naviglio Martesana, una di queste ville apparteneva alla famiglia aristocratica spagnola Falcò.

Dal 1706 gli austriaci si impossessano del ducato di Milano e resteranno al potere fino al 1797 quando Milano entrò a far parte, nel 1815, del Regno Lombardo-Veneto e quindi dell’Impero austriaco. Negli anni successivi Vaprio d’Adda diventa il teatro delle guerre d’indipendenza e, ancora una volta, è il ponte sull’Adda a subire le peggiori conseguenze. Venne distrutto nel 1859 e costruito in ferro nel 1878 e, successivamente, in acciaio nel 1892-1896 e, infine, in cemento armato intorno alla metà del Novecento. Dal 1877 a Vaprio d’Adda è attivo il collegamento con Milano tramite la linea tramviaria, destinata a durare fino agli anni Settanta.

A cavallo tra Ottocento e Novecento, Vaprio è un paese sostanzialmente contadino ma la presenza del Cotonificio Visconti di Modrone-Velvis, della Cartiera Sottrici-Binda e di altre numerose fabbriche rende il paese un importante polo industriale.

Durante la seconda guerra mondiale si sviluppa in questi luoghi un movimento anti fascista molto forte: a Vaprio si stamperà clandestinamente fino al 1943 il quotidiano “L’unità”.

Nel secondo dopo guerra si assiste a uno sviluppo demografico ed edilizio ragguardevole. Oggi l’abitato è in forte espansione con un incremento di popolazione notevole negli ultimi anni.