Risalente al XVII secolo, fra il 1300 e il 1566, costituiva una delle due fondazioni ecclesiastiche presenti a Vaprio assieme a quella dedicata a Sant’Agostino. L’ordine del Cardinale di completa demolizione dell’edificio non fu rispettato (i materiali di recupero si sarebbero dovuti impiegare per il restauro della chiesa di San Colombano e sulle sue rovine si sarebbe dovuta erigere una croce), ed esso divenne parte integrante del complesso della Villa appartenente alla famiglia Paleni Falcò.
I vari restauri subiti dalla chiesa nel corso del tempo, non ne hanno alterato l’interno, che conserva ancora uno stile barocco e una cripta funeraria della nobile famiglia di origine spagnola.
Fino al 1817 è stata sede parrocchiale del paese.

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